Habían pasado ya algo más de dos décadas de la reconstrucción del tejado original cuando, en el año 2003, el Gobierno regional, a través de la Consejería de Cultura dirigida por José Antonio Cagigas, decidió actuar para dar solución a las graves patologías observadas en la iglesia rupestre de Santa María de Valverde (Valderredible). Para ello encargó a la Fundación Santa María la Real un trabajo de diagnosis y medidas a tomar, para evitar, cuanto antes, los daños producidos por las filtraciones de agua al edificio.
El trabajo ejecutado por los técnicos de la Fundación Santa María la Real determinó el deterioro del material pétreo que conformaba la iglesia rupestre, desencadenado entradas directas de agua al edificio y, sobre todo, la humedad de condensación en el interior de la iglesia provocada, según el informe emitido, por el deterioro de la anterior cubrición ejecutada entre los años 1979 y 1980.
La doble membrana asfáltica que cubría la roca se encontraba cuarteada con la pérdida de su flexibilidad. Además, el agua penetraba por los umbrales de las puertas y de las tres ventanas, con humedad generalizada en todos los muros, aunque más profunda en los fondos orientales de las capillas y techo del altar.
Ante estos graves problemas, el entonces consejero, José Antonio Cagigas, decidió actuar con celeridad y, en el mes de septiembre de 2003, el Consejo de Gobierno aprobó la adjudicación a la empresa INOOR S.L. de las obras de reforma en la iglesia rupestre de Santa María de Valverde en Valderredible, con un presupuesto de 149.600 euros y un plazo de ejecución de tres meses, que se aplazó debido a las inclemencias meteorológicas de ese invierno.
Los operarios de la empresa adjudicataria comenzaron sus trabajos retirando la vieja cobertura de 1979-1980, de la roca, tierras y capa asfáltica, sustituyendo los elementos estructurales dañados del cargadero en los huecos del muro sur y construyendo una nueva cubierta con estructura de madera. La cubierta está formada por cinco vigas, dispuestas de Este a Oeste, en forma de abanico para proteger la totalidad del espacio excavado en la roca.
La estructura se cerró en sus testeros laterales (donde se halla el ábside) y en el alzado trasero tal como se disponía en el edificio primitivo, pero sustituyendo los muros de mampostería de piedra por entramados de madera suspendidos de la cubierta y dispuestos en celosía, permitiendo la aireación de roca y la contemplación del yacimiento arqueológico. Se sustituyeron las carpinterías y se proyectó un nuevo diseño de la iluminación interior, mediante iluminación indirecta con luminarias de pie. Esta nueva instalación se consideró el traslado y ocultación de los equipos de control y protección. Por último y como trabajo necesario, se contempló la necesidad de un seguimiento arqueológico en las áreas intervenidas: techo de la iglesia, soportal y obras de urbanización e infraestructuras. La nueva cubierta se inauguró en el mes de mayo de 2004 y, tanto en su exterior como en su interior de la iglesia hay tumbas excavadas en la roca.
Bien de Interés Cultural
La de San María de Valverde es la más grande de las cuatro ermitas rupestres de Valderredible (Cadalso, Campo de Ebro y Arroyuelos). Considerada por su tamaño como la catedral de las rupestres, sigue teniendo culto y, es desde el mes de marzo de 1985, Bien de Interés Cultural con la Categoría de Monumento. Es una iglesia excavada en una peña de arenisca sobre la que se ha construyó una espadaña en época gótica, y se encuentra en Santa María de Valverde, localidad valluca ubicada junto a la carretera que va desde Polientes a Villanueva de la Nía y finaliza en Quintanilla de las Torres (Palencia), cerca de Aguilar de Campoo. Junto a la iglesia se alza el 'Centro de Interpretación de la Arquitectura Rupestre', de titularidad municipal.
